哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死...

　　吉冈多佳子（齐藤由贵 饰）、汀子（相乐晴子 饰）和绿子（原田贵和子 饰）是共同在金泽第一高中就读的二年级学生。绿子因为拥有美丽的外貌，而在班上颇受男生的追捧，与此同时，早熟的汀子也有了自己的心上人。一天，多佳子走进了一家贴着露骨海报的电影院，哪知道出来之后被通班男生沓挂胜（柳叶敏郎 饰）撞了个正着。　　渐渐的，多佳子发现自己喜欢上了胜。胜是学校棒球队的主将，在一场比赛中，多佳子发现同行的另一个...